Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 2

Mimo że takie warianty liczby kopii stwarzają ryzyko choroby, same w sobie mogą nie być wystarczające, aby doprowadzić do konkretnego wyniku choroby, podsycając spekulacje, że dodatkowe czynniki ryzyka mogą stanowić przyczynę zmiany. Niedawno zaproponowaliśmy model dwóch trafień lub drugiego miejsca, który opiera się na obserwacji, że osoby chore z mikrodelecją na chromosomie 16p12.1 częściej mają dodatkowe duże warianty liczby kopii niż kontrole. dane opierały się na podstawie oligogenicznej, w której efekt złożony ze stosunkowo niewielkiej liczby rzadkich wariantów o dużym wpływie przyczynia się do heterogeniczności zaburzeń genomowych i dostarczył możliwe do przewidzenia przewidywania przyczyn zaburzeń syndromicznych i zmienności fenotypowej. W bieżącym badaniu sprawdziliśmy uogólnienie tego modelu w drugim miejscu, analizując kontekst genomowy 72 dużych, rzadkich wariantów liczby kopii, o których wiadomo, że są związane z zaburzeniem genomicznym lub potencjalnie związane z chorobą.22,23 Zbadaliśmy również związek między stopniem fenotypu a całkowitym rozmiarem i liczbą wariantów liczby kopii.
Metody
Badanie próbek
Przeanalizowaliśmy 32 587 próbek od dzieci z opóźnieniem rozwojowym z wrodzonymi wadami wrodzonymi lub bez; próbki zostały przesłane do Signature Genomic Laboratories w latach 2008 – 2010. (Szczegółowe informacje znajdują się w sekcji Metody w Dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie.) Rodzice lub opiekunowie wyrazili pisemną świadomą zgodę lub dostarczono zdecy dyfikowane dane. przez klinicystów zgodnie z protokołem zatwierdzonym przez instytucyjną komisję odwoławczą.
Przeprowadziliśmy opartą na mikromacierzy porównawczą hybrydyzację genomową (macierz CGH) z mikromacierzą bakteryjną z chromosomem sztucznym (SignatureChipWG) z pełnym genomem dla 9207 próbek i mikromacierzą opartą na oligonukleotydach (SignatureChipOS, opracowaną przez Signature Genomic Laboratories i wyprodukowaną przez Agilent Technologies lub Roche NimbleGen) dla 23.380 próbek.24-26 Otrzymaliśmy dane dotyczące zmienności liczby kopii (wywołań) od 8329 osób, u których w czasie badań nie stwierdzono jawnych zaburzeń neurologicznych w innych badaniach (kontrole) (patrz rozdział Metody w Dodatek dodatkowy). Porównaliśmy warianty liczby kopii w 32 587 próbkach od dzieci, które opóźniły rozwój z tymi w próbkach kontrolnych 8329; warianty liczby kopii z zachodzeniem na siebie w co najmniej 50% długości były uważane za takie same. Aby ocenić warianty liczby kopii dla określonego fenotypu, zbadaliśmy dzieci ze sporadycznym autyzmem w ramach kolekcji Simons Simplex. W tej analizie wygenerowaliśmy wywołania 841 probandów, 1651 rodziców i 793 rodzeństwa z macierzy Illumina 1M i 1M Duo, przy użyciu tego samego algorytmu, który został użyty dla danych kontrolnych w odniesieniu do wariantów liczby kopii.22,27, 28
Definicja wariantów liczby kopii
Przeanalizowaliśmy 72 regiony o rzadkiej zmienności liczby kopii (zdarzenia pierwotne), o których wcześniej wiadomo, że są związane z fenotypami neurorozwojowymi lub zaburzeniem genomicznym i umieściliśmy je w dwóch szerokich grupach na podstawie obecności lub braku powiązanych cech syndromicznych (tabele S1). , S2 i S3 oraz ryc
[podobne: medycyna choroby, Fordanserki, endometrioza operacja ]

Powiązane tematy z artykułem: endometrioza operacja Fordanserki medycyna choroby