Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 6

(Dodatkowe informacje dotyczące wariantów, których nie przedstawiono na tej rycinie, przedstawiono na ryc. S16 w Dodatku uzupełniającym). AS oznacza zespół Angelmana, zespół PWS Pradera-Williego i zespół WBS Williamsa-Beurena. Na podstawie podziału między syndromicznymi i fenotypowo zmiennymi zaburzeniami genomicznymi testowaliśmy pod kątem uprzedzeń seksualnych (patrz rozdział Metody w dodatkowym dodatku). Stwierdziliśmy znaczący męski błąd u dzieci z zaburzeniami genomicznymi charakteryzującymi się zmiennością fenotypową w porównaniu z dziećmi, których zaburzenia były związane z cechami syndromicznymi (P <0,001 w teście Manna-Whitneya) (Figura 2A). To odchylenie obserwowano z uwzględnieniem lub bez uwzględnienia obecności dodatkowych dużych wariantów liczby kopii (ryc. S9 w dodatkowym dodatku).
Dodatkowe warianty
Następnie przetestowaliśmy obecność dodatkowych dużych wariantów liczby kopii w drugim miejscu (rys. S10 i S11 w Dodatku uzupełniającym). Spośród 2312 dzieci dotkniętych chorobą, u których stwierdzono pierwotny wariant, 200 (8,7%; 87 dziewcząt i 113 chłopców) nosiło co najmniej dodatkowy duży wariant wpływający na autosom. Zaobserwowaliśmy łącznie 211 wariantów drugiego miejsca (średnia wielkość, 1,37 Mb), z podobną liczbą duplikacji i delecji (odpowiednio 108 i 103) (tabela S5 w dodatku uzupełniającym). W przypadkach, w których wariant z miejsca drugiego był wcześniej związany z zaburzeniem genomicznym (45 z 200 lub 22,5%), wariant rzadszy był uważany za wariant podstawowy-22, ponieważ jego rzadkość sugerowała, że jest bardziej prawdopodobne. mieć silny efekt niż bardziej powszechny wariant (tabele S6 i rys. S10 i S12 w dodatkowym dodatku). Podobnie, duży wariant trzeciej strony, powodujący ogólny medianowy ciężar obciążenia 2,5 Mb, zaobserwowano u 11 z 200 dotkniętych dzieci (5,5%) (Tabela S7 w Dodatku Uzupełniającym).
Wykryliśmy znaczące wzbogacenie wariantów drugiego miejsca w próbkach od dzieci z fenotypowo zmiennym zaburzeniem genomicznym, w porównaniu z wariantami drugiego miejsca w próbkach od pacjentów z syndromicznym zaburzeniem genomicznym (156 z 1509, lub 10,3%, vs. 857 lub 5,1%, iloraz szans, 2,13, 95% przedział ufności, 1,5 do 3,08, P = 4,49 × 10-6) (ryc. S13 i S14 oraz tabela S8 w dodatkowym dodatku).
Warianty o nieznanym znaczeniu
Na podstawie tych wyników rozszerzyliśmy naszą analizę, aby ustalić, czy model drugiej strony dla wariantów liczby kopii (tj. Zwiększony efekt kliniczny dwóch lub więcej niezależnych dużych wariantów) dotyczy również wariantów o nieznanym znaczeniu. Aby ocenić istotność występowania wielu wariantów liczby kopii u dotkniętych dzieci, porównaliśmy częstość występowania dwóch lub większej liczby dużych wariantów wśród próbek przypadku z częstością występowania wśród próbek kontrolnych
[podobne: medica kraków, profimed goleniów, zostań dawcą szpiku ]

Dodaj komentarz

Twój adres email nie zostanie opublikowany. Pola, których wypełnienie jest wymagane, są oznaczone symbolem *

Powiązane tematy z artykułem: medica kraków profimed goleniów zostań dawcą szpiku