Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 7

Podobnie jak w przypadku naszej oceny próbek przypadku, najpierw poddaliśmy kondycjonowaniu próbki kontrolne zgodnie z obecnością lub brakiem dużego wariantu pierwotnego, a następnie zgodnie z rozmiarem (> 300 kb lub> 500 kb) i typem (skreślenie lub powielenie) zidentyfikowane warianty. Ponownie rozważaliśmy tylko warianty autosomalne. Wyłączyliśmy wszystkie próbki przypadków i próbki kontrolne z wariantami, o których wiadomo, że powodują zaburzenie genomiczne (w tym zdarzenia odwrotne) i analizowano jedynie próbki od dzieci z rzadkimi wariantami (<0,1% w grupie kontrolnej). Co znamienne, obecność dwóch wariantów o masie przekraczającej 500 kb i nieznanego znaczenia była osiem razy większa niż w próbce od dziecka z opóźnieniem rozwojowym lub niepełnosprawnością intelektualną, podobnie jak w próbce kontrolnej (iloraz szans, 8,16; P = 2,11 × 10- 38). Wzbogacenie to pozostało znaczące nawet po kondycjonowaniu dla obecności co najmniej jednego wariantu o nieznanym znaczeniu (i przekraczającego 500 kb) w przypadku i próbek kontrolnych (iloraz szans, 3,53; P = 2,9 × 10-11), co sugeruje, że dzieci z dwoma lub bardziej duże i rzadkie warianty były znacznie bardziej narażone na wpływ (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Wzbogacanie dla wariantów drugiej witryny
Aby dalej badać, czy warianty drugiego obszaru są cechą charakterystyczną podzbioru fenotypowo zmiennych zaburzeń genetycznych, rozwarstnowaliśmy nasze odkrycia w próbach przypadku według określonych pierwotnych wariantów i obserwowaliśmy nominalnie znaczące wzbogacenie (P <0,05) dla obecności w co najmniej jeden dodatkowy duży wariant w drugim miejscu na 7 z 72 zaburzeń genomowych (zgodnie z definicją w wariancie pierwotnym), w porównaniu z próbkami kontrolnymi, w tym delecją 15q11.2 (NIPA2), duplikacją 12,30 16p11.2 (TBX6) , 15,17 16p12.1 (CDR2) delecja, 21 16p11.2 (SH2B1) dystalna duplikacja, duplikacja 3q29 (DLG1), 24 powielanie 17 171,31,3 (YWHAE), 31 i 15q23q24 (ETFA) deletion.1 Powtarzanie analizy po usunięcie bardzo dużych wariantów liczby kopii (> 30 Mb) nadal miało znaczenie dla wzbogacenia wariantów drugiego miejsca dla 7 zaburzeń (ryc. S15 i tabele S9 i S10 w dodatkowym dodatku). Biorąc pod uwagę zmniejszoną moc analizy specyficznej dla miejsca głównego (ze względu na mniejszą liczbę dzieci dotkniętych zmianami charakterystycznymi dla danego miejsca), nie oczekiwaliśmy, że wiele wartości P pozostanie znaczących po korektach wielokrotnego testowania. Jednak najczęstszy wariant (delecja 15q11.2 w NIPA2, którą wykryto u 166 dzieci) pozostawała istotna nawet przy rygorystycznej korekcji Bonferroniego (P = 0,04). Częstość występowania wariantów z drugiego miejsca była największa (. 5%) u dzieci z zespołem Smitha-Magenisa, zespołem Williamsa-Beurena, zespołem Sotosa, zespołem Potockiego-Lupskiego lub zespołem delecji 17q21.31 (MAPT)
[więcej w: firma zbrojarska, certolizumab, łokieć golfisty ]

Powiązane tematy z artykułem: certolizumab firma zbrojarska łokieć golfisty