Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 5

Tylko cztery zaburzenia ze znacznym wzbogaceniem są przedstawione na tej figurze. Aby wyjaśnić odchylenie płci i brak danych kontrolnych na temat chromosomów płci, dane te przedstawiają tylko autosomalne drugie trafienie. Ustaliliśmy dziedziczenie, wykorzystując dane wyjściowe, które były dostępne dla 653 probantów, które łącznie posiadały 66 z 72 pierwotnych wariantów liczby kopii (ryc. S7 w Dodatku uzupełniającym). Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 5”

Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 4

Rozważaliśmy dodatkowe 502 warianty, które mają być zatwierdzone, ponieważ rodzic nosił ten sam wariant (Tabela S4 w Dodatku Uzupełniającym). Otrzymaliśmy kontrole z próbek uzyskanych od 8329 osób, które poddano badaniom przesiewowym w kierunku jawnych zaburzeń neurologicznych w wielu badaniach.22 Skoncentrowaliśmy się na 2312 dzieciach, które zdecydowały się na z 72 wariantów numerów kopii pierwotnej. Obejmowały one 23 duże, rzadkie, patogenne warianty liczby kopii, które wcześniej wiązały się z typową konstelacją cech klinicznych (zaburzenia syndromiczne), 40 rzadkich wariantów liczby kopii, które wcześniej wiązały się z heterogenicznością fenotypową, 20,22 i 9 duże , rzadkie warianty liczby kopii o niepewnym znaczeniu patogenicznym (ryc. S5 i S6 w dodatku uzupełniającym). Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 4”

Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 3

Wyznaczyliśmy zaburzenia genomowe na podstawie lokalizacji cytobandów, a następnie symbol kandydata-genu w nawiasie, aby zapewnić szybki punkt orientacyjny. Zdefiniowaliśmy warianty numerów kopii drugiej witryny na podstawie następujących kryteriów: wariant liczby kopii przekroczył 500 kb, zmapowany do lokalizacji genomowej, która różniła się od tej w wariancie numeru pierwszej kopii (tj. Nieliniowo), i był najwyraźniej niezwiązany z pierwszym wariantem liczby kopii (kryterium, które wykluczało próbki z niezbilansowanych translokacji i innych skomplikowanych rearanżacji z tej analizy), z przewagą mniejszą niż 0,1% w ogólnej populacji (<8 z 8329 kontroli ) w celu wykluczenia potencjalnych polimorficznych loci, które mogą wprowadzać w błąd naszą interpretację wzbogacania dodatkowych wariantów liczby kopii. Nasza poprzednia analiza dużego zestawu przypadków i kontroli22,29 potwierdza czwarte kryterium, którego nie stosowaliśmy do wariantów liczby kopii, o których wiadomo, że są powiązane z zaburzeniem neurorozwojowym. Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 3”

Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 12

Sposób dziedziczenia zarówno dla pierwotnych, jak i wtórnych mutacji, jak również wielkości i zawartości genów wariantów liczby kopii jest krytycznym wyznacznikiem w odróżnianiu zaburzeń syndromowych od mutacji o zmienności fenotypowej. Nawet po wykluczeniu znanych patogennych wariantów okazało się, że dzieci z dwoma lub więcej rzadkimi i dużymi wariantami o nieznanym znaczeniu były osiem razy częściej klasyfikowane jako mające opóźnienie rozwojowe, podobnie jak kontrola populacji. Dane te zdecydowanie sugerują, że ogólny ciężar genów, na które mają wpływ duże warianty, może ostatecznie mieć znaczenie prognostyczne, pozwalając klinicystom lepiej przewidywać długoterminowe wyniki, gdy warianty zostaną wykryte u osób dotkniętych. Należy jednak zachować ostrożność przy interpretacji tych analiz w kontekście badań prenatalnych, ponieważ uzyskaliśmy nasze dane z dobrze określonych przypadków z fenotypami o dużym opóźnieniu rozwoju. Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 12”