Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 11

Następnie przeanalizowaliśmy wywołania z 841 probandów i 793 rodzeństwa na obecność dwóch dużych wariantów w dowolnym miejscu w obrębie autosomów. Chociaż tylko 6 dzieci w tym zestawie nosiło dwa lub więcej dużych wariantów, 5 było wśród najbardziej dotkniętych, co sugeruje korelację między ciężkością a wariantowym obciążeniem (Figura 3B). Dyskusja
W naszym badaniu zaobserwowaliśmy znaczne zróżnicowanie fenotypów związanych z kilkoma powtarzającymi się wariantami liczby kopii (konkretne warianty, które są względnie powszechne). To odkrycie było skomplikowane przez identyfikację pozornie normalnych lub łagodnie dotkniętych rodziców-nosicieli 16 p11.2, 15, 17, 18 1q21.1,32 lub 16p12.121 wariantów liczby kopii, co sugeruje, że te warianty są krytycznymi, ale nie jedynymi wyznacznikami fenotyp. Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 11”

Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 10

Pozioma linia w każdym polu reprezentuje wartość mediany; dolna i górna linia pola oznaczają odpowiednio 25 i 75 percentyla; a poziome linie poniżej i powyżej oznaczają odpowiednio najniższą i najwyższą wartość. Panel B przedstawia fenotypową ostrość jako wynik obciążenia rzadkimi wariantami liczby kopii autyzmu. Punkty danych reprezentują analizę pełno skalowego IQ (oś y) w kontekście liczby genów (oś x) zakłóconych przez rzadkie warianty liczby kopii. Czerwone punkty danych reprezentują próbki z dwoma dużymi wariantami (> 500 kb). Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 10”

Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 9

Nasze dane sugerują, że na częstość występowania każdego typu wariantu wpływa w różnym zakresie częstość mutacji de novo oraz prawdopodobieństwo przeniesienia wariantu na potomstwo. Kliniczny efekt dodatkowych wariantów
Aby zrozumieć wpływ dodatkowych wariantów liczby kopii, zbadaliśmy zgłoszone historie przypadków klinicznych15,21,32,2,33 i podjęliśmy próbę zebrania dodatkowych informacji klinicznych na 161 dzieciach z co najmniej jednym dużym wariantem (96 dzieci z pierwotnym wariantem i 65 z wiele dużych wariantów). Jakościowa ponowna ocena kliniczna tych próbek potwierdziła, że wśród dzieci z tym samym zaburzeniem genomicznym, u tych z wieloma wariantami występowały deficyty w więcej domenach niż te z jednym wariantem (Tabela S13 w Dodatku Uzupełniającym). Aby ocenić to za pomocą bardziej obiektywnych kryteriów, skupiliśmy się na trzech wariantach wykazujących związek z najbardziej zmiennymi fenotypowo zmiennymi i przyjęliśmy system punktacji oparty na liście kontrolnej cech klinicznych opisanych dla subtelomerycznych34 i zrównoważonych rearanżacji chromosomowych de novo35 (tabele S14 i S15 w Dodatku Uzupełniającym). Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 9”

Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 8

Niedostateczna reprezentacja wariantów drugiego miejsca w zespołowych zaburzeniach genomicznych prawdopodobnie wynika z selekcji negatywnej (tj. Osoby z zaburzeniami syndromicznymi są już poważnie dotknięte, a dodatkowa nierównowaga dawkowania genów prawdopodobnie nie jest zgodna z życiem). Status dziedziczenia
Zbadaliśmy status dziedziczenia wariantów dużej liczby kopii pierwszego i drugiego miejsca dla 46 dzieci (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku) i ustalono, że 33 z 46 wariantów z drugiego miejsca (72%) zostało odziedziczonych. Nie zaobserwowano uprzedzenia rodzicielskiego dla wariantów pierwotnych (P = 0,12 w teście dwumianowym). Read more „Fenotypowa heterogeniczność zaburzeń genomicznych i rzadkich wariantów liczby kopii AD 8”